Vates-säätiö perustettiin 24.5.1993. Säätiön perusti 19 yhteisöä, joihin kuului mm. keskeisiä vammaisjärjestöjä. Käytännön toiminta alkoi 1.10.1993. Vates perustettiin, koska järjestöt näkivät, että työmarkkinat ovat kovenemassa ja että vammaisten pääsy työmarkkinoille tulee olemaan vaikeaa.
Tavoitteena oli luoda vajaakuntoisten työllistymisasioiden erityisosaamista kokoava ja levittävä organisaatio, joka tukee vammaisjärjestöjen työtä toimien tiiviissä yhteistyössä niiden kanssa.
Aluksi toimittiin nimellä Vajaakuntoisten työllistämisen edistämissäätiö. Vates-säätiö tuli viralliseksi nimeksi vuonna 1999.
Vates-säätiö toimii tarttumalla vajaakuntoisten työllistämisen kannalta kulloinkin keskeisiin asioihin. Toimintaan on aina kuulunut halu nostaa ongelmia laajempaan tietoisuuteen. Työtavat ovat vakiintuneet, ja pienestä, kokeilevasta projektiorganisaatiosta on kasvanut valtakunnallinen toimija, jonka yhteistyöverkostot ovat laajat.
Säätiö aloitti kahden työntekijän työyhteisönä. Vuosien kuluessa henkilöstömäärä on kasvanut vakiintuvien toimintojen ja hanketoiminnan lisääntymisen myötä. Säätiöllä on 11-15 työntekijää riippuen meneillään olevista hankkeista.
Toiminnan perusrahoitus on koko olemassaolon ajan saatu RAY:ltä (vuodesta 2016 lähtien STEA). Lisäksi toimintaa on rahoitettu mm. ESR-rahoituksella ja eri ministeriöiden hanke-, tutkimus- yms. rahoituksilla. Oma merkityksensä on myös koulutus-, konsultointi- ja julkaisumyynnin tuloilla.
Säätiön toimitilat ovat koko sen olemassaolon ajan sijainneet Aluekeskus Oltermannissa Helsingin Oulunkylässä.